Test prédictif de la tuberculose

Un test sanguin prédictif pour la tuberculose (TB) est “un pas de plus”, selon BBC News. L’article disait qu’une «empreinte génétique dans le sang est prometteuse pour identifier les porteurs de la tuberculose qui vont avoir des symptômes et propager l’infection».

Cette étude est importante et illustre la puissance d’une technique relativement nouvelle appelée «profilage transcriptionnel génomique», mais il est trop tôt pour savoir dans la pratique combien de patients tuberculeux identifiés par le test vont développer la maladie.

Après quelques ajustements à Londres, le test a été répété chez des patients d’Afrique du Sud, ce qui augmente la confiance dans sa précision. Cependant, l’étude n’a pas examiné combien de patients identifiés par le test ont ensuite développé la maladie.

Comme les tests ont des résultats différents selon les populations, une autre étape dans la vérification de leur exactitude consistera à évaluer leur performance dans les régions en développement du monde où la tuberculose est plus fréquente. Comme le test nécessite des machines complexes et coûteuses, cela peut être plus facile à dire qu’à faire.

D’où vient l’histoire?

L’étude a été menée par des chercheurs du Medical Research Council, de l’Institut national de recherche médicale et de l’hôpital St Mary’s de Londres, en collaboration avec des chercheurs américains. L’étude a été financée par le MRC et la Fondation Dana, et aucun intérêt financier concurrent n’est déclaré. L’étude a été publiée dans la revue à comité de lecture Nature.

Les médias ont couvert avec précision cette étude complexe et ont souligné à la fois la nature précoce de la recherche et sa promesse potentielle instabilité. La BBC cite des experts qui disent que le test est “remarquable” mais qu’il doit être prouvé par un travail supplémentaire.

De quel type de recherche s’aggissait-t-il?

Les chercheurs ont cherché à étudier les marqueurs biologiques qui ont le potentiel de diagnostiquer et de prédire l’issue de la tuberculose latente. Ils expliquent que la tuberculose est principalement une maladie des poumons, qui tue jusqu’à 1,7 million de personnes par an dans le monde entier. Environ un tiers de la population mondiale a été exposé ou infecté par la bactérie de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis), mais seulement 10% de ces personnes atteintes de tuberculose latente deviennent malades avec la forme active de la maladie. On pense qu’une immunité réduite joue un rôle dans le fait qu’une personne tombe malade ou non, mais les raisons exactes sont mal comprises.

Il s’agissait d’une étude en laboratoire, utilisant la technique du «profilage transcriptionnel génomique». L’étude comportait trois parties principales:

Une série de 42 échantillons de sang provenant de Londres a été utilisée pour développer le test.

Une série de tests de 54 échantillons de sang a été utilisée pour identifier les différents modèles de biomarqueurs chez les personnes ayant les formes actives et latentes de la TB par rapport aux témoins sains (de Londres).

Un ensemble de validation de 51 échantillons provenant d’Afrique du Sud a été utilisé pour évaluer de manière indépendante l’exactitude du test en identifiant la TB latente par rapport à la TB active.

Les chercheurs se sont intéressés, entre autres, à la mesure dans laquelle ils pouvaient distinguer la TB active des autres maladies inflammatoires et combien de patients atteints d’une maladie active ont été correctement identifiés par le test (sa sensibilité).

Des études de la précision diagnostique de nouveaux tests doivent être répétées plusieurs fois dans différents contextes. Il s’agit de déterminer les meilleurs seuils pour diagnostiquer les maladies latentes qui deviendront actives et l’utilité du test dans des situations réelles. Cette étude fournit un point de départ utile pour ce processus.

Qu’est-ce que la recherche implique?

Le profil de transcription génomique est une technique qui mesure l’activité (l’expression) de milliers de gènes à la fois. Autrement dit, la technique donne une idée de ce que font les cellules. Il est différent du séquençage du code génétique réel d’une cellule, car au lieu de regarder l’ADN sur les chromosomes, il crée une image de ce que la cellule est en train de faire avec cet ADN (quels gènes sont actifs et actifs). Cette activité génique est évaluée par la quantité de cellules produites par l’ARN (ou «transcrits»). Ces molécules d’ARN portent des instructions sur la façon de fabriquer différentes protéines à la protéine faisant la machinerie de la cellule, ou jouent d’autres rôles dans le processus de fabrication de protéines.

Dans l’ensemble de test, les chercheurs ont comparé les profils transcriptionnels des gènes exprimés dans les échantillons de sang de trois groupes de patients. Ils avaient 21 échantillons provenant de personnes atteintes de tuberculose latente, 21 d’une TB active avant traitement et 12 témoins sains.

Dans l’ensemble de validation où la précision de l’ensemble de test et de ses seuils a été vérifiée dans une deuxième série d’échantillons, il y avait 31 échantillons TB latents, 20 échantillons TB actifs et aucun échantillon sain.

En comparant les profils des personnes dans ces ensembles de tests et de validation, les chercheurs ont cherché à identifier un modèle de transcription génique similaire chez les personnes atteintes de TB active et les patients latents «à haut risque».

Ils ont testé le modèle transcriptionnel plus loin dans le sang prélevé sur des personnes souffrant d’autres maladies telles que les infections bactériennes et une maladie immunitaire appelée lupus pour voir s’ils pouvaient identifier une signature de transcription spécifique à la TB et non à d’autres maladies.

L’analyse semble complète et a été soigneusement rapportée.

Quels ont été les résultats de base?

Les chercheurs ont identifié une signature de 393-transcrits qui était caractéristique de la TB active, et qui est revenue à la normale une fois qu’une personne avait été traitée avec succès pour TB.

Ils rapportent que les profils transcriptionnels de 10% -25% des patients atteints de TB latente (cinq sur 21 de l’ensemble de test et trois sur 31 de l’ensemble de validation) étaient similaires à ceux des patients atteints de TB active. Cela signifie que 75% à 90% des patients atteints de TB latente n’avaient pas le profil caractéristique «actif» ou à haut risque qu’ils recherchaient.

En utilisant la signature 393-transcript dans le groupe de test, la sensibilité citée était de 61,67%, ce qui signifie que 61,67% des personnes ayant une TB active ont été correctement identifiées par le test. Le test avait également une spécificité de 93,75%, il a donc correctement identifié 93,75% des personnes qui n’avaient pas de TB active. Il avait un taux indéterminé de 1,9% pour l’ensemble de test, où le statut (actif, latent ou sain) n’a pas pu être déterminé. Cinq patients atteints de TB latente ont été classés comme ayant une TB active par le test et quatre patients atteints de TB active ont été classés comme n’ayant pas de TB active par le test.

Dans l’ensemble de validation, la sensibilité était de 94,12%, la spécificité de 96,67% et le taux indéterminé de 7,8%.

Les chercheurs ont également identifié un test de signature de transcription de 86 gènes capable de distinguer la TB active d’autres maladies inflammatoires et infectieuses.

Comment les chercheurs ont-ils interprété les résultats?

Les chercheurs disent que leurs recherches ont des implications pour le développement de vaccins et de thérapies. Ils revendiquent leur est la première description complète de la signature transcriptionnelle du sang humain de la tuberculose.

La signature de la TB active, également observée chez 10% à 20% des patients atteints de TB latente, peut aider à identifier les personnes qui développeront une maladie active. Ils disent que cela facilitera l’orientation de la thérapie préventive. Cependant, ils mettent en garde que d’autres études prospectives menées avec des patients suivis au fil du temps sont nécessaires pour évaluer cette possibilité.

Conclusion

Cette étude utilise un test génomique relativement nouveau et complexe pour voir s’il est possible d’identifier les personnes atteintes de TB active. Les chercheurs ont également cherché à savoir si le test pouvait identifier les personnes qui ont une tuberculose latente et qui risquent de développer une tuberculose active à l’avenir.

Les tests de diagnostic doivent évidemment être précis et ceci est mesuré de plusieurs façons. La qualité du test d’identification des personnes atteintes d’une maladie (appelée sensibilité) et la qualité de l’identification des personnes non atteintes (appelée spécificité) sont deux mesures couramment utilisées.

Dans cette étude:

Le test a eu de bons résultats de sensibilité et de spécificité dans les échantillons hautement sélectionnés, suggérant que lorsque le statut de la maladie est déjà connu, le test est bon pour confirmer qu’une personne a une TB active et identifier un schéma chez ceux qui n’ont pas la maladie. . Cependant, il est important de souligner que dans l’ensemble de test, il y avait une sensibilité de seulement 62%, ce qui signifie que 38% des échantillons avec tuberculose latente ont été identifiés comme ayant une tuberculose active par le test (environ six sur 16 termes).

Toutes les personnes de l’ensemble de validation étaient déjà connues pour avoir TB (actif ou latent) et étaient donc “sélectionnées”. Il est important de mesurer également l’exactitude du test dans une population qui n’a pas été sélectionnée, une étape ultérieure de test qui nécessitera de suivre un groupe de personnes au fil du temps. En effet, tester des échantillons prélevés sur des personnes connues pour avoir une TB latente ou une TB active avant le traitement donnera de meilleurs résultats que lorsque le même test est utilisé comme outil diagnostique dans des populations réelles présentant des taux plus faibles de TB active ou latente.

Les études de la précision d’un test quant à sa capacité à prédire la maladie future dépendent également du nombre de personnes dans la population testée qui en sont atteintes. Les chercheurs n’ont pas testé un échantillon aléatoire de personnes atteintes de tuberculose latente pour voir dans quelle mesure le test permet de prédire qui développera une maladie active. Ce sera une étape supplémentaire dans la recherche. C’est pour cette raison que les chercheurs conseillent sagement de tester davantage leur nouvelle technique passionnante.