Infection par le virus de l’immunodéficience humaine après un abus sexuel: valeur de l’analyse de la séquence d’acide nucléique dans l’identification du délinquant

L’analyse de la séquence des acides nucléiques de séquences spécifiques du virus de l’immunodéficience humaine a permis d’identifier la source de l’infection dans un cas d’abus sexuel d’une fille de sept ans

Une mère s’inquiétait de l’abus sexuel possible de ses filles et de ses enfants L’examen physique de la jeune fille n’a révélé aucun signe de blessure ou de cicatrice. Une rougeur non spécifique des parties internes des grandes lèvres a été observée chez les plus âgés. Les tests patients ont montré que les anticorps anti-p et Western blot des échantillons des enfants et de la mère avaient été effectués des années plus tôt. Ces tests ont révélé que la fille aînée était infectée par le VIH, alors que la fille cadette et la mère étaient négatives. Dans les dossiers cliniques, la source de l’infection à ce moment-là a été déclarée inconnue parce que le mari actuel de la mère est infecté par le VIH et est le père de la fillette, mais le beau-père de la fille âgée de a été considérée comme la source de l’infection par le VIH chez la fille aînée. À ce stade, une enquête virologique a été ordonnée par le procureur de la République antidote. L’ADN proviral des cellules mononucléaires du sang périphérique de la La CS-F et la CS-D ont été isolées et amplifiées, et les séquences d’ADN ont été alignées et déterminées pour l’analyse phylogénétique. Réduire la possibilité de contamination croisée, de prélèvement d’échantillons de sang, d’isolement d’ADN, de PCR et de séquençage d’ADN les réactions ont été réalisées dans des laboratoires distincts Tous les isolats testés ont été codés Les cellules mononucléaires du sang périphérique ont été isolées par Biocoll Biochrom, centrifugation en gradient de Berlin, et l’ADN génomique a été extrait par des méthodes standards. Les régions variables des séquences géniques VIH-gag-p et env-CV à partir de l’ADN génomique par analyse PCR nichée avec des paires d’amorces spécifiques gag: analyse PCR externe, ‘-ATGGGTGCGAGAGCGTC-‘ et ‘-CTGCAGCTTCYTCATTG-‘; analyse PCR nichée, «-CGAGAGCGTCRRTATTAAGYGG-» et «-GYACTATRGGRTAATTTTGRC-»; env: analyse de PCR externe, ‘-GTYAGYACAGTACARTGCACACATGG-‘ et ‘-GAYTCTTGYCTGGAGCTGYTTAATGC-‘; analyse de PCR nichée, «CCAGTRGTRTCAACTCARCTGYTG-» et «-CCATAGTGCTTCCKGCTGCKCC» Les produits amplifiés ont été purifiés et le séquençage a été effectué au moyen d’un séquenceur d’ADN Applied Biosystems, Weiterstadt, Allemagne selon les instructions du fabricant. Séquences nucléotidiques du beau-père CS-F , la fille CS-D, et les sujets témoins infectés par le VIH CO- ont été alignés en utilisant la version CLUSTAL W et corrigés manuellement pour s’assurer que les écarts de séquence n’altèrent pas le cadre de lecture Les séquences ont été transférées à la suite PHYLIP des fichiers de matrices de distances et d’analyse phylogénétique La similarité des séquences de nucléotides et d’acides aminés a été déterminée en utilisant une méthode rapide approximative Pour la construction d’arbres phylogénétiques, la méthode de jointure voisine a été utilisée sur une matrice de distances entre toutes les séquences testées et séquences de VIH disponibles à partir de bases de données de séquences de virus European Molecular Biology La EMBL et GenBank La diversité des séquences nucléotidiques a été déterminée dans la région -nucléotidique gag-p et la région -nucléotidique env-CV. Le pourcentage de diversité des séquences nucléotidiques dans les régions gag et env a été calculé: les séquences nucléotidiques du beau-père et de la fille différaient de% pour gag et% pour env La diversité des séquences nucléotidiques dans les souches VIH-témoins CO- était% -% pour gag et% -% pour env La diversité des nucléotides dans les séquences VIH des bases de données EMBL et GenBank était de ⩾% pour gag et ⩾% pour Une étude antérieure de la diversité nucléotidique dans les séquences de VIH d’isolats apparentés a révélé que la diversité des séquences nucléotidiques pour les gènes env des hémophiles qui recevaient le même lot de plasma groupé était de% -% Dans le “cas d’investigation dentiste de Floride” de la transmission présumée du VIH , les analyses génétiques ont montré que les virus isolés d’un dentiste et de ses patients étaient étroitement liés les uns aux autres dans la région env. En revanche, les analyses de virus isolés d’autres patients dentaires infectés par le VIH ont révélé que ces virus n’étaient pas apparentés à la diversité des séquences nucléotidiques pour env,% -% Le degré de séquence nucléotidique Burger et al ont également étudié la diversité d’une partie importante des gènes env de contacts étroits: une femme transmettait séropositive- ment à sa descendance de la séquence nucléotidique de la fille,% et, plus tard, hétérosexuellement à la diversité des séquences nucléotidiques de son partenaire. cette étude, l’analyse phylogénétique a montré que la figure de séquence codante gag, le chiffre supérieur et le chiffre de la séquence codante env, étaient similaires; cette analyse a également révélé un regroupement plus étroit du virus de l’indice CS-D et du virus source potentiel CS-F dans le sous-type B du groupe M du VIH

Figure Vue largeTélécharger Diagramme Arbre généalogique des régions VIH-gag et env de type VIH des séquences nucléotidiques d’une fille CS-D infectée par le VIH et âgée d’un an qui a été agressée sexuellement par son beau-père infecté par le VIH CS-F; la méthode de jointure voisine a été utilisée pour construire l’arbre Les séquences nucléotidiques du patient CS-D et CS-F ont été alignées sur des séquences nucléotidiques provenant de souches VIH-témoins et de séquences issues de bases de données European Molecular Biology Laboratory EMBL et GenBank L’arbre phylogénétique a été construit sur la base d’une séquence nucléotidique dans la partie supérieure de la région gag-p et d’une séquence nucléotidique dans la partie variable de la région env-CV La barre d’échelle montre la proportion de nucléotides substitués pour une longueur de branche horizontale donnée. par les majuscules suivant la barre obliqueFigure Vue largeTélécharger l’arbre phylogénétique des régions VIH-gag et env de type VIH des séquences nucléotidiques d’une fille séropositive CS-D infectée par le VIH qui a été abusée sexuellement par son beau-père infecté par le VIH CS-F; la méthode de jointure voisine a été utilisée pour construire l’arbre Les séquences nucléotidiques du patient CS-D et CS-F ont été alignées sur des séquences nucléotidiques provenant de souches VIH-témoins et de séquences issues de bases de données European Molecular Biology Laboratory EMBL et GenBank L’arbre phylogénétique a été construit sur la base d’une séquence nucléotidique dans la partie supérieure de la région gag-p et d’une séquence nucléotidique dans la partie variable de la région env-CV La barre d’échelle montre la proportion de nucléotides substitués pour une longueur de branche horizontale donnée. En résumé, ces résultats suggèrent que la transmission du VIH entre le beau-père et la fille était très probable Après que le beau-père eut été confronté à ces données, il a admis avoir abusé sexuellement de sa belle-fille. Notre rapport démontre la valeur de l’acide nucléique analyse de la séquence dans l’identification de la source de l’infection par le VIH même après plusieurs années d’infection primaire